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与许多其他国家不同，日本国内并没有严格意义上官方发布的本国大学排名。这主要是因为日本大学只按地区排位，以地区上各大学的偏差值高低来决定，并没有统一排位。日本大学分为国立、公立大学和私立大学，日本国立大学偏重学术研究，日本私立大学偏重社会实践，两类学校有比较明显的风格差异，各有优势。
由于世界大学排名主要依据学术研究，所以担负着研究机构的国立大学通常有较好的世界排名和世界性知名度。而私立大学由于已毕业学生规模在社会较多，因此在日本就职时略占优势。
另外各院校拥有不同的优势学科，诸如中央大学法学部、早稻田大学经济学部、北九州市立大学外国语学部等全国一流学部也是影响学生选择的因素。
1、东京大学
2、京都大学
3、大阪大学
4、名古屋大学
5、东京工业大学
6、东北大学
7、一桥大学
8、九州大学
9、北海道大学
10、筑波大学
11、庆应义塾大学
12、早稻田大学
13、神户大学
14、广岛大学
15、东京外国语大学
16、御茶水女子大学
17、横滨国立大学
18、千叶大学
19、冈山大学
20、金泽大学
21、上智大学
22、首都大学东京
23、熊本大学
24、东京学艺大学
25、电气通信大学
26、名古屋工业大学
27、同志社大学
28、群马大学
29、埼玉大学
30、明治大学
